Резистентность ВИЧ к медицинским препаратам связана с тем, что вирус в процессе размножения очень быстро изменяет свою генетическую структуру (мутирует). Некоторые из мутантов становятся нечувствительными к препарату, лекарство больше не препятствует размножению вируса, а это влечет за собой прогрессирование болезни. В результате этого отбираются даже такие формы, которые могут нормально размножаться только в присутствии данного лекарства. То есть они обладают зависимостью, которую иногда называют «вирусной токсикоманией».
При развитии резистентности к одному типу ВИЧ-ингибиторов одновременно может сформироваться резистентность и к другому типу антиретровирусных препаратов, даже если эти средства еще не применялись. Это явление называется перекрестной резистентностью и встречается довольно часто. А новую комбинацию препаратов, к которой вирус еще сохранил чувствительность, отыскать не легко, несмотря на то, что в настоящий момент существует довольно большое число комбинаций ВИЧ-ингибиторов. Тем не менее, комбинированная терапия оставляет вирусу меньше шансов выработать устойчивость к препаратам.
Нередко ВИЧ становится устойчивым к лекарствам по вине больного. Здесь главная причина — неправильный прием лекарств. Если предписанный врачем медицинский препарат принимать нерегулярно, то вирус приобретает сопротивляемость к нему. Дальнейшее лечение этим препаратом становится бесполезным. В США примерно у 30% ВИЧ-инфицированных, к которым применялась АРВТ, вирус является резистентным к лечению.